Artigos recentes: Nature Structural & Molecular Biology - September 2009, Volume 16 No 9 pp899-1001

Cabin1 restrains p53 activity on chromatin -pp910 - 915

Hyonchol Jang, Soo-Youn Choi, Eun-Jung Cho & Hong-Duk Youn

doi:10.1038/nsmb.1657

The tumor suppressor p53 activates the transcription of a number of genes under conditions of genotoxic stress. Some of these regulated promoters show p53 occupancy even under normal conditions. Now calcineurin-binding protein 1 (Cabin1) is shown to keep p53 inactive in these promoters.

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See also: News and Views by Tolstonog & Deppert

Fast ribozyme cleavage releases transcripts from RNA polymerase II and aborts co-transcriptional pre-mRNA processing -pp916 - 922

Nova Fong, Marie Öhman & David L Bentley

doi:10.1038/nsmb.1652

Co-transcriptional splicing of pre-mRNAs has been proposed to involve exon tethering to the elongating RNA polymerase II. By inserting a fast-cleaving ribozyme in the nascent transcript, the linear integrity of the transcript is found to be key to splicing, arguing against tethering and for a pathway that clears such disrupted transcripts.

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See also: News and Views by Klaue & Hertel

A macrodomain-containing histone rearranges chromatin upon sensing PARP1 activation -pp923 - 929

Gyula Timinszky, Susanne Till, Paul O Hassa, Michael Hothorn, Georg Kustatscher, Bianca Nijmeijer, Julien Colombelli, Matthias Altmeyer, Ernst H K Stelzer, Klaus Scheffzek, Michael O Hottiger & Andreas G Ladurner

doi:10.1038/nsmb.1664

• PDB code

  • 3IID
  • 3IIF

• 3D view

  • 3IID
  • 3IIF

Phosphorylation-dependent SUMOylation of MEF2A promotes postsynaptic dendrite differentiation. Analyses now reveal that a surface on the SUMO E2 UBC9 is responsible for integrating phosphorylation signal recognition and SUMOylation and suggests that regulation of some SUMO substrate recognition events may have evolved to use the E2 rather than an E3 ligase.

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See also: News and Views by Kraus

The molecular basis for the regulation of the cap-binding complex by the importins -pp930 - 937

Sandra M G Dias, Kristin F Wilson, Katherine S Rojas, Andre L B Ambrosio & Richard A Cerione

doi:10.1038/nsmb.1649

• PDB code

  • 3FEY
  • 3FEX

• 3D view

  • 3FEY
  • 3FEX

The cap binding complex (CBC) interacts with mRNAs and snRNAs and accompanies them to the cytoplasm, where they are released and CBC is imported back into the nucleus by the importin complex. Multiple approaches are now combined to gain structural and functional insights into the regulation and coordination of these CBC interactions.

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Dynamics and function of compact nucleosome arrays -pp938 - 944

Michael G Poirier, Eugene Oh, Hannah S Tims & Jonathan Widom

doi:10.1038/nsmb.1650

Nucleosomes can interfere with DNA binding by factors, but previous work showed that protein-binding sites on a single nucleosome are accessible. Dynamics in the context of higher-order chromatin structure are now examined, with compaction dynamics and DNA-binding site exposure on a centrally placed nucleosome in an array assessed.

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A molecular basis for phosphorylation-dependent SUMO conjugation by the E2 UBC9 -pp945 - 952

Firaz Mohideen, Allan D Capili, Parizad M Bilimoria, Tomoko Yamada, Azad Bonni & Christopher D Lima

doi:10.1038/nsmb.1648

Phosphorylation-dependent SUMOylation of MEF2A promotes postsynaptic dendrite differentiation. Analyses now reveal that a surface on the SUMO E2 UBC9 is responsible for integrating phosphorylation signal recognition and SUMOylation and suggests that regulation of some SUMO substrate recognition events may have evolved to use the E2 rather than an E3 ligase.

Abstract- A molecular basis for phosphorylation-dependent SUMO conjugation by the E2 UBC9 | Full Text- A molecular basis for phosphorylation-dependent SUMO conjugation by the E2 UBC9 | PDF (1,698 KB)- A molecular basis for phosphorylation-dependent SUMO conjugation by the E2 UBC9 | Supplementary information

Structural determinants of miRNAs for RISC loading and slicer-independent unwinding -pp953 - 960

Tomoko Kawamata, Hervé Seitz & Yukihide Tomari

doi:10.1038/nsmb.1630

miRNAs are loaded onto Argonautes (Agos) to guide silencing of targets, but duplex unwinding is required for targeting. Detection of Drosophila Ago1 complexes containing the duplexed or unwound miRNA now give insight into the basis for cleavage-independent unwinding of miRNA duplexes to generate a functional, mature complex.

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Existence of a microRNA pathway in anucleate platelets -pp961 - 966

Patricia Landry, Isabelle Plante, Dominique L Ouellet, Marjorie P Perron, Guy Rousseau & Patrick Provost

doi:10.1038/nsmb.1651

Platelets are anucleate elements in the cardiovascular system involved in clotting. Platelets are now found to contain microRNAs and the key cytoplasmic elements of a processing and effector pathway, suggesting that platelet mRNAs may be subjected to microRNA regulation.

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Template strand scrunching during DNA gap repair synthesis by human polymerase -pp967 - 972

Miguel Garcia-Diaz, Katarzyna Bebenek, Andres A Larrea, Jody M Havener, Lalith Perera, Joseph M Krahn, Lars C Pedersen, Dale A Ramsden & Thomas A Kunkel

doi:10.1038/nsmb.1654

• PDB code

  • 3HWT
  • 3HW8
  • 3HX0

• 3D view

  • 3HWT
  • 3HW8
  • 3HX0

X family DNA polymerases can fill short DNA gaps by binding both the 5' and 3' ends of the gap. What happens to the template strand is now revealed in the crystal structure of human polymerase bound to a 2-nucleotide gap substrate. The template strand is scrunched, with the additional base in an extrahelical position going into an enzyme pocket.

Abstract- Template strand scrunching during DNA gap repair synthesis by human polymerase [lambda] | Full Text- Template strand scrunching during DNA gap repair synthesis by human polymerase | PDF (1,236 KB)- Template strand scrunching during DNA gap repair synthesis by human polymerase | Supplementary information

Molecular mechanisms for protein-encoded inheritance -pp973 - 978

Jed J W Wiltzius, Meytal Landau, Rebecca Nelson, Michael R Sawaya, Marcin I Apostol, Lukasz Goldschmidt, Angela B Soriaga, Duilio Cascio, Kanagalaghatta Rajashankar & David Eisenberg

doi:10.1038/nsmb.1643

• PDB code

  • 3FVA
  • 3FQP
  • 3FR1
  • 3FTH
  • 3FPO
  • 3FOD
  • 3FTR
  • 3FTK
  • 3FTL

• 3D view

  • 3FVA
  • 3FQP
  • 3FR1
  • 3FTH
  • 3FPO
  • 3FOD
  • 3FTR
  • 3FTK
  • 3FTL

Prions can adopt a transmissible -sheet-rich conformation and also form strains with different structural and biological properties. Polymorphic crystal structures of peptides from prion- and other amyloid-forming proteins suggest the structural basis for prion strains, revealing two potential mechanisms: packing and segmental polymorphism.

Abstract- Molecular mechanisms for protein-encoded inheritance | Full Text- Molecular mechanisms for protein-encoded inheritance | PDF (1,013 KB)- Molecular mechanisms for protein-encoded inheritance | Supplementary information

Structural basis of high-fidelity DNA synthesis by yeast DNA polymerase -pp979 - 986

Michael K Swan, Robert E Johnson, Louise Prakash, Satya Prakash & Aneel K Aggarwal

doi:10.1038/nsmb.1663

• PDB code

  • 3IAY

• 3D view

  • 3IAY

DNA polymerase (Pol ) has a crucial role in eukaryotic replication. Now the crystal structure of the yeast DNA Pol catalytic subunit in complex with template primer and incoming nucleotide is presented at 2.0-Å resolution, providing insight into its high fidelity and a framework to understand the effects of mutations involved in tumorigenesis.

Abstract- Structural basis of high-fidelity DNA synthesis by yeast DNA polymerase [delta] | Full Text- Structural basis of high-fidelity DNA synthesis by yeast DNA polymerase | PDF (1,468 KB)- Structural basis of high-fidelity DNA synthesis by yeast DNA polymerase | Supplementary information

Capes amplia acesso a Portal de Periódicos

Dirigentes de 56 instituições de ensino e pesquisa no Brasil assinaram, nesta terça-feira, dia 1º, o termo de compromisso para acesso ao Portal de Periódicos da Capes
O número de instituições com acesso ao Portal chegou a 308, crescimento de 211%, com relação a 2003. A maior parte dos novos usuários é formada por instituições privadas de ensino superior e fundações de amparo à pesquisa.

As entidades foram escolhidas entre as que possuem programas de pós-graduação recomendados pela Capes. A idéia é incentivar o ensino e a pesquisa, de forma que os seus programas atinjam os níveis de excelência definidos pela agência do MEC.

"Essa ampliação mostra que não há nenhum preconceito na Capes contra a presença do setor não-público na pós-graduação. Exigimos o que se exige para todos, que é simplesmente a questão da qualidade", destacou o presidente da Capes, Jorge Guimarães.

Representando as fundações, o diretor-presidente do conselho técnico-administrativo da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (Fapesp), Ricardo Brentani, destacou o papel central que a disseminação de conhecimento possui na produção de conhecimento.

"É muito importante permitir que tanto as instituições estaduais quanto as não-públicas tenham acesso ao oxigênio da produção científica, que o Portal de Periódicos da Capes possibilita", conclui.

Conteúdo

Os novos usuários do Portal terão acesso aos conteúdos da base referencial Scopus, utilizada na consulta por resumos de documentos científicos e na avaliação da produtividade de autores, periódicos e instituições. Poderá ainda ser acessa a base Science Direct, e que reúne mais de duas mil revistas científicas com texto completo em todas as áreas do conhecimento. O Scopus e o Science Direct foram assinados junto à editora holandesa Elsevier.

Outra novidade será o acesso à ASTM International, que disponibiliza normas técnicas utilizadas na padronização de setores como as engenharias e as áreas biomédica, petroquímica e aeroespacial. As normas são utilizadas na fabricação de produtos e na realização de metodologias seguras e competitivas no setor produtivo, além da qualificação profissional de alunos e pesquisadores de graduação e pós-graduação.

O Portal de Periódicos da Capes possui atualmente 15.475 títulos com textos completos, 126 bases referenciais, seis bases exclusivas para patentes, mais de 150 mil livros, normas, enciclopédias e estatísticas. Acesse o Portal de Periódicos.

(Com informações da Assessoria de Imprensa da Capes)

Diferença de nota entre universidades públicas e privadas cai

Margem diminuiu porque as instituições particulares mantiveram suas médias e as públicas tiveram um recuo. Maior queda nas notas, segundo dados divulgados pelo MEC, aconteceu nas universidades estaduais
Fábio Takahashi escreve para a "Folha de SP":
A vantagem das universidades públicas sobre as privadas no indicador de qualidade do governo federal diminuiu 19% em um ano, apontam dados do Ministério da Educação. A nota média das públicas era 27% superior que as particulares em 2007 e caiu para 22% no ano seguinte.
Os dados, divulgados anteontem, referem-se ao IGC (Índice Geral de Cursos), que considera itens como desempenho dos estudantes numa prova (Enade), qualificação dos docentes (número de doutores) e a nota da pós-graduação, entre outros.
A diferença diminuiu porque as instituições privadas mantiveram suas médias (239, em escala até 500) e as públicas tiveram um recuo (de 304 para 292), apontam dados tabulados por Oscar Hipólito, ex-diretor do Instituto de Física da USP de São Carlos e pesquisador do Instituto Lobo.
Dentro das públicas, o maior recuo ocorreu nas universidades estaduais - a média caiu 9%. Os dados não consideram USP e Unicamp, que decidiram não participar da avaliação. Nas federais, a queda foi de 1%.
Os novos dados mostram também que o número de universidades estaduais reprovadas subiu de um para cinco, aquelas com 1 e 2 no IGC. Estão nessa lista as universidades estaduais de Goiás, Alagoas, Roraima, Piauí e de Ciências da Saúde de Alagoas.
O presidente da Abruem (entidade que representa as universidades estaduais), João Carlos Gomes, afirma que as instituições estão preocupadas com os indicadores.
"Mas há esforço para melhorar esses índices. Temos universidades novas, em processo de crescimento", disse. "Estamos, por exemplo, melhorando a titulação dos docentes."
O pesquisador Oscar Hipólito cita duas possibilidades para o problema nas estaduais. "Em alguns Estados, pode haver mais interferência política na gestão universitária. O que ocorre menos nas federais e nas estaduais de São Paulo."
Outra hipótese é que o controle das estaduais seja menos rigoroso, pois o processo está principalmente nas mãos dos Conselhos Estaduais de Educação, e não nas do MEC.
"Uma expansão das estaduais pode explicar o desempenho, mas é preciso fazer estudos mais aprofundados", disse o presidente do Inep (instituto do MEC responsável pela avaliação), Reynaldo Fernandes.
O presidente do Semesp (sindicato que representa as universidades privadas), Hermes Figueiredo, afirma que o setor das particulares "não gosta" da comparação com as públicas. "O que buscamos é a excelência acadêmica, independentemente do desempenho das públicas", disse. "Além disso, o IGC é apenas um indicador. Para nós, há fatores que interessam mais, como a empregabilidade dos nossos estudantes."

(Ricardo Westin)

(Folha de SP, 2/9)

Molécula contra diabetes e obesidade

Agência FAPESP – Mais de 180 milhões de pessoas em todo o mundo têm diabetes tipo 2, a forma mais comum da doença. E o total continua crescendo em um nível alarmante, o que tem levado centros de pesquisa em diversos países a tentar encontrar alternativas de combate ao problema, que tem entre seus principais fatores de risco a obesidade.

Um grupo internacional de pesquisadores acaba de apresentar um potencial candidato: a proteína TGR5. Os cientistas descobriram que sua ativação é capaz de reduzir o ganho de peso e de tratar o diabetes. O estudo foi publicado nesta quarta-feira (2/9) na revista Cell Metabolism.

Um trabalho anterior do mesmo grupo demonstrou que ácidos biliares (produzidos no fígado e que quebram as gorduras), por meio da ativação da TGR5 em tecidos musculares e adiposos marrom, foram capazes de aumentar o gasto de energia e de prevenir, ou até mesmo de reverter, obesidade induzida em camundongos.

No novo estudo, o grupo coordenado pelos professores Kristina Schoonjans e Johan Auwerx, da Escola Politécnica Federal de Lausanne, na Suíça, examinou o papel da TGR5 no intestino, onde essa proteína é expressada em células especializadas na produção de hormônios.

Os pesquisadores observaram que essas células, chamadas de células enteroendócrinas TGR5, controlam a secreção do hormônio GLP-1, que tem papel crítico no controle da função pancreática e na regulação dos níveis de açúcar no sangue.

Kristina e Auwerx trabalharam em conjunto com Roberto Pellicciari, da Universidade de Perugia, na Itália, que desenvolveu um ativador para a TGR5, chamado de INT-777, em colaboração com a empresa Intercept Pharmaceuticals, dos Estados Unidos.

O grupo demonstrou que – em testes condições laboratoriais em camundongos – a TGR5 pode efetivamente tratar o diabetes e reduzir a massa corporal. Os autores também mostraram que esses efeitos estavam relacionados ao aumento tanto da secreção da GLP-1 como do gasto energético.

Segundo os pesquisadores, os resultados apontam para uma nova abordagem no tratamento do diabetes tipo 2 e da obesidade. A alternativa proposta é baseada no aumento da secreção de GLP-1 por meio da administração do ativador da TGR5.

O artigo de Kristina Schoonjans e outros pode ser lido por assinantes da Cell Metabolism em www.cell.com/cell-metabolism.

Diretor de desenvolvimento da Cristália ministrará a Aula Magna do PPGGTA-MP

Roberto Debom Moreira é Farmacêutico Industrial Diplomado pela Universidade Federal de Santa Maria - RS (UFSM), MBA em Gestão Industrial pela Fundação Getúlio Vargas – FGV, Especialização em Indústria Farmacêutica 03 (três) semestres pela Universidade Federal de Santa Maria – RS, Diretor de Pesquisa, Desenvolvimento e Inovação do Laboratório Cristália Produtos Químicos Farmacêuticos Ltda/ Itapira – SP.

Título da Palestra: “Pesquisa Desenvolvimento e Inovação na Indústria Farmacêutica”
Data: 04/09/2009 – sexta-feira
Horário: 14 h
Local: Auditório 219 do Prédio 1

Transplante de DNA para evitar doenças

Estratégia semelhante é a base de polêmica técnica de reprodução assistida. Teste teve êxito

Cientistas deram um passo importante para evitar a transmissão de doenças hereditárias graças a uma técnica que troca genes entre óvulos e os usa para produzir embriões saudáveis. O método é semelhante à polêmica transferência de citoplasma, já usada experimentalmente para gerar bebês de proveta - neste caso, a troca serve para "rejuvenescer" óvulos de mulheres mais velhas que não conseguem engravidar naturalmente.

Crianças nascidas por esses métodos têm duas mães biológicas: uma é a dona do DNA nuclear; a outra entra com o citoplasma e o material genético mitocondrial.

A nova técnica foi testada em macacos e pesquisadores estão convencidos de que ajudarão mulheres portadoras de defeitos no DNA mitocondrial a terem filhos saudáveis.

As mitocôndrias são as usinas de energia das células e seu DNA é passado só de mãe para filho. Mutações mitocondriais causam doenças em músculos e nervos, além de diabetes e câncer.

No estudo da Universidade do Oregon, apresentado na "Nature", cientistas pegaram o DNA do núcleo do óvulo de uma macaca com mutações hereditárias e o transferiram para o óvulo de uma doadora, cujo próprio DNA nuclear havia sido removido. Depois, fertilizaram o óvulo e o implantaram na dona do DNA nuclear.

Com a técnica, conseguiram gerar três filhotes, sem defeito genético. O método precisará passar por análises éticas e de segurança antes de ser testado em seres humanos.

(O Globo, 27/8)

LNLS abre período de submissão de propostas para estudos em nível atômico

Pesquisadores devem enviar suas propostas para utilização das linhas de luz até 21 de setembro. O uso das instalações é gratuito e as propostas são avaliadas por comitês externos O Laboratório Nacional de Luz Síncrotron (LNLS) está recebendo propostas de cientistas interessados em realizar experimentos nas linhas de luz XAFS, TGM, DXAS, SGM, XRF, XRD2, XPD, SAXS e XRD1 no primeiro semestre de 2010. A linha SXS voltará a operar no próximo ano e também participa desta chamada. As propostas podem ser enviadas até às 17h do dia 21 de setembro por meio do Portal de Serviços do Laboratório (www.lnls.br). Aquelas aprovadas nesta chamada serão agendadas para realização nos primeiros meses de 2010, em período ainda a ser definido. Nas linhas de luz é possível desenvolver pesquisas em escala atômica nas mais diversas áreas, como química, física, engenharia de materiais, meio ambiente e ciências da vida. Cada linha dispõe de uma técnica distinta para se desvendar a estrutura de materiais, tanto sintéticos como biológicos. Como laboratório nacional aberto e multiusuário, o LNLS disponibiliza gratuitamente suas instalações a pesquisadores que buscam realizar estudos na fronteira do conhecimento. Projetos cujos resultados necessitam permanecer privados podem ser desenvolvidos no LNLS via a formação de convênios. As propostas submetidas ao Laboratório Nacional de Luz Síncrotron passam pela avaliação de comitês externos e três aspectos essenciais são considerados na análise e seleção daquelas a serem realizadas no Laboratório: relevância científica ou tecnológica do tema proposto; competência dos pesquisadores autores da proposta; viabilidade técnica das experiências propostas com os equipamentos disponíveis no LNLS. (Assessoria de Comunicação do LNLS)